1993-2004
1993. október 18-án a Kárpátaljai Magyar Kulturális Szövetség és a Kárpátaljai Magyar Pedagógusszövetség elnökségeinek együttes ülésén Beregszászban magyar főiskola alapításáról döntöttek. Levélben fordultak a kárpátaljai történelmi egyházakhoz, Beregszász város képviselőtestületéhez, hogy támogassák az elképzelést, illetve lehetőségeikhez képest csatlakozzanak a kezdeményezéshez.
használatra, azaz 2010-ig, az Illyés Gyula sétány 1-es szám alatti ingatlanának egy részét, amelyben akkor még a városi poliklinika működött, olyan feltétellel, hogy a Főiskola azt felújítja, majd fizeti a fenntartási költségeket. Az épület tulajdonjogát a Beregszászi Városi Tanács visszaállította, de számos mesterséges akadályt gördítettek annak visszaadása elé a helyi élenjárók, például a magyar többségű Beregszászi Járási Tanács 1995. március 15-ei határozatában felfüggesztette annak végrehajtását, mert a városi végrehajtó bizottság nem a törvényeknek megfelelően járt el. A tulajdonjog visszaállítását pótlólagos dokumentumokkal kellett igazolni, még azt is, hogy a szovjet rendszerben elvették az épületet, annak ellenére, hogy levéltári adatokkal már korábban igazolták a háború előtti tulajdonjogot. Az oktatás ebben a tanévben a Beregszászi Ruhaipari Szakközépiskola épületében zajlott.
1996. június 13-ai ülésén az Ukrán Állami Akkreditációs Bizottság pozitív döntést hozott a főiskola működéséi engedélyének megadásával kapcsolatban. A licenciát, az oktatásra feljogosító engedélyt szeptember 16-án adta ki az Ukrán Oktatási Minisztérium. (Az ukrán–magyar kisebbségi vegyes bizottság júniusi ülése előtt a Kárpátaljai Magyar Kulturális Szövetség által két, a kárpátaljai magyarság szempontjából fontos kérdést sikerült a médián keresztül napirendre tűzni: a Vereckei honfoglalási emlékmű építését és a főiskola bejegyzésének ügyét. A Bizottság ez utóbbi mellett tett nyilatkozatot.)
1996. szeptember 25-én megtartottuk a Kárpátaljai Magyar Tanárképző Főiskola ünnepélyes tanévnyitóját. A tanévnyitón jelen volt Magyar Bálint, Magyarország művelődési és közoktatási minisztere, Anatolij Babak, ukrán oktatási miniszterhelyettes, valamint a kárpátaljai megyei vezetés és felsőoktatási intézmények rektorai, olyan személyek is, akik korábban az intézmény megnyitása ellen foglaltak állást. Elkezdődött a saját oktatói gárda kialakítása, részben kárpátaljai, fokozattal vagy megfelelő szakmai tapasztalattal és minősítéssel rendelkező tanárok, illetve PhD iskolákban, vagy aspirantúrán tanuló fiatalok bevonásával. Az oktatás a Beregszászi Ruhaipari Szakközépiskola épületében folyt.
1997 tavaszán – a Főiskolát a Határon túli Magyarok Hivatalának kezdeményezésére átvilágítják. Ebben az évben diplomáznak a BGYTf Speciális Képzésének keretében az első végzősök.
2000. február 26-án ukrajnai hivatalos útjának részeként az intézménybe látogat Orbán Viktor, Magyarország miniszterelnöke. Ebben az évben sikerül befejezni a nagyon romos állapotban lévő Beregszászi Református Egyháztól bérelt ingatlan felújítását.
2000-ben az Apáczai Közalapítvány támogatásával a főiskola megvásárolja, majd 2001-ben felújítja első tulajdonát, a tanári vendégházat, amely a kárpátaljai és magyarországi vendégtanárok megfelelő elszállásolását biztosítja. Az ünnepélyes átadáson részt vett Berényi Dénes, az Apáczai Közalapítvány elnöke és Csete Örs irodaigazgató.
2000 szeptemberében a Nyíregyházi Főiskolával közösen megkezdődik a közgazdasági speciális képzés.
2002-ben az Illyés Közalapítvány és az Apáczai Közalapítvány támogatásával elkezdődik az egykori Törvényszéki épület felújítása. A támogatás arra volt elegendő, hogy elkezdjük a munkálatokat, így az intézmény vezetése úgy döntött, magyarországi és ukrajnai nagy városokhoz fordul, hogy támogassák a felújítást. Az intézmény a felújított termet a támogató városról, önkormányzatról nevezi el.
A főiskola filmklubja 2003. március 11. kezdte meg működését a Kölcsey Ferenc szakkollégium épületrészében, amit az Apáczai Közalapítvány támogatásával sikerült felújítani és beüzemelni. Az átadáson részt vett Kőnig Sándor. az alapítvány elnöke.
2003. december 13-án a Főiskola felveszi II. Rákóczi Ferenc nevét, és II. Rákóczi Ferenc Kárpátaljai Magyar Főiskola néven működik tovább. Az ünnepségen jelen volt Szabó Vilmos politikai államtitkár.
Az alapszabály módosítása révén sikerül bővíteni a képzési kínálatot, újabb szakokat indítani és letelepíteni a kertészmérnök képzést.
2003 – az Intézményt az Oktatási Minisztérium kérésére ismét auditálják.
2004 – magyarországi önkormányzatok segítségével sikerül befejezni az egykori Törvényszéki épület második emeletének felújítását.
2004-ben az új összetételű, 2002-ben megválasztott Beregszászi Városi Tanács határozatot hoz, melyben kezdeményezi az előző testület döntésének megsemmisítését és a volt Törvényszéki palota tulajdonjogának visszavonását a Főiskolától. Az intézmény vezetése mindent megtesz jogainak megvédése érdekében. A Főiskola tulajdonjogának megvédése érdekében Kucsma ukrán államelnökhöz levélben fordul Mádl Ferenc magyar köztársasági elnök, illetve az amerikai szenátus képviselői csoportjának nevében Tom Lantos. Az ügy belpolitikai vitát vált ki; mint kiderült, a tulajdonjog megvonását közvetve Gajdos István parlamenti képviselő, az UMDSZ elnöke kezdeményezte. A főiskola mellé állt Alekszandr Moroz, az ukrán parlament volt házelnöke, aki 2004. szeptember 1-én a főiskolán személyesen tájékozódott az épület tulajdonjoga körül kialakult helyzetről. A helyzetre jellemző, hogy tatarozásra hivatkozva a tanévzáró ünnepség megtartására nem kerülhetett sor a város művelődési házában, így azt a református templomban tartottuk, ami azóta a diákok kérésére hagyománnyá vált, és a tanévnyitó ülést is az egyház hozzájárulásával itt tartjuk.